实验步骤


悬浮液或生物膜中的共培养


白色念珠菌和/或细菌在悬浮液或粘附的生物膜中生长 在六孔聚苯乙烯板中，在脑心输液 (BHI) 培养基中，补充有 5% 胎牛血清 (BHI-FBS)。 补充实验程序中提供了其他详细信息。


集落形成单位分析


菌落形成单位从生物膜或生物膜的系列稀释液中铺板 悬浮培养。 稀释液涂在 YPD 琼脂、LB 琼脂或血液上 琼脂 30 或 37 离心，视物种而定。 补充实验程序中提供了其他详细信息。


氧气测量


使用 Unisense STOX 测量生物膜中的氧浓度 传感器微电极，每 10 毫米测量一次，从 从上到下。 补充实验程序中提供了其他详细信息。


基因表达微阵列


Cy3 或 Cy5 标记的 cDNA 与定制的安捷伦微阵列杂交， 在 GenePix Pro 中进行分析，并使用 LOWESS 进行归一化。 额外细节 在补充实验程序中提供。


入藏号


报告的原始基因表达阵列数据的 GEO 登录号 在本文中是 GSE55026。


补充信息


补充信息包括补充实验程序、四个数字、四个表格和三个数据集，可以通过 本文在线 http://dx.doi.org/10.1016/j.cub.2014.08.057。


致谢


我们感谢 Matthew Lohse、Aaron Hernday、Chiraj Dalal、Oliver Homann 和 本研究中使用的菌株或质粒的 Jose Christian Perez； 谢娜 Singh Babak 和 Trevor Sorrells 对手稿发表评论； 和 豪尔赫·门多萨 (Jorge Mendoza) 提供技术援助。 我们赞赏使用 加州大学旧金山分校尼康成像中心。 这项研究得到了美国国立卫生研究院的资助 R01AI083311（给 ADJ）和加州大学旧金山分校突破生物医学研究计划奖，部分由桑德勒基金会资助。 EPF 是 由 NIH Fellowship T32AI060537 支持，CJN 由 NIH 支持 授予 K99AI100896，并且霍华德支持 DKN 和 ESC 休斯医学研究所 (HHMI) 和国家心脏、肺和血液 NIH 研究所 (R01HL117328)。 DKN 是 HHMI 调查员。


收稿日期：2014 年 3 月 9 日


修订日期：2014 年 7 月 31 日


接受：2014 年 8 月 22 日


发布时间：2014 年 10 月 9 日


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